Almeida bắt đầu sự nghiệp khi thi đấu cho đội bóng quê nhà Associação Naval 1º de Maio, trước khi ký hợp đồng với FC Porto.Anh trận ra mắt cho Porto trong trận thắng 2-0 trên sần nhà trước S.L.Benfica vào ngày 21 tháng 9 năm 2003, chơi 3 phút.Tuy nhiên, do không có được vị trí chính thức, anh được đem đi cho Leiria mượn và Boavista F.C..

Almeida trở lại Porto vào mùa giài 2005-06 và trở thành một nhân tố quan trọng trong chức vô địch quốc gia.Ở giải UEFA Champions League năm đó, anh ghi một bàn thắng hết sức đặc biệt từ một quả đá phạt có cự li 35m so với khung thành vào lưới Inter Milan ở San Siro, mặc dù trận đó vẫn thua 2-1.

Werder Bremen

Almeidda một lần nữa dược đem đi cho mượn ở mùa giải 2006-07, với một mùa giải thành công cùng Werder Bremen, ghi 10 bàn trong 41 lần ra sân ở mọi mặt trận.Sau khi thấy cơ hội thi đấu của anh ở Porto bị giảm sút với việc hai tiền đạo Edgar và Ernesto Farias cập bến vào tháng 8 năm 2007, anh quyết định ở lại hẳn Bremen, ký hợp đồng 4 năm với mức giá 4 triệu euro.Với việc Miroslav Klose gia nhập Bayern München, cơ hội ở đội hình một của Almeida được tăng lên, anh bắt đầu mùa giải 2007-08 với rất nhiều bàn thắng, ghi 7 bàn trong 12 lần ra sân.Anh đã kết thúc mùa giải với 16 bàn trên mọi giải đấu, chỉ kém vua phá lưới của đội bóng Diego 1 bàn.

Vào năm 2008, Hugo Almeida có màn trình diễn ấn tượng ở UEFA Champions League khi ghi 2 bàn trong 3 trận, những bàn thắng này đã đưa Bremen lọt vào vòng bảng.Anh cũng được bầu là cầu thủ xuất sắc nhất trận đấu trong trận hoà trước Anorthosis.Ở giải quốc nội, anh bắt đầu mùa giải với chỉ 3 bàn qua 13 trận.Almeida kết thúc mùa giải với một thành tích ấn tượng, ghi 5 bàn trong 3 trận ở giải vô địch quốc gia.